D.R.A.S.T.I.C:新型コロナの起源の謎を探求するTwitter上の探偵達

調査研究

1.D.R.A.S.T.I.C:新型コロナの起源の謎を探求するTwitter上の探偵達まとめ

・Twitterを活動の場に新型コロナの起源を探求している集団DRASTICの紹介記事
・真実を執拗に探し求めた世界中の人達の活躍によって初めて判明した事実がある
・多くの人々が関与しておりTwitter上で実施される場合でもサイエンスは集合的な事業

2.D.R.A.S.T.I.Cとは?

以下、mygenomix.medium.comより「The origin of SARS-CoV-2 is a riddle: meet the Twitter detectives who aim to solve it」の意訳です。元記事の投稿は2020年12月4日、Moreno Colaiacovoさんによる投稿です。

Twitterを活動の場として自発的に集まった新型コロナウイルス(SARS-CoV-2)の起源の謎を探求している世界各国の市民データサイエンティストの集まりであるD.R.A.S.T.I.C(ドラスティック)のWebサイトからリンクが貼ってあった記事です。

昨日投稿した「トランプ前大統領が好きでない人に読んでもらいたい新型コロナの起源が再調査されている理由」の記事に書かれている現在までに判明した事は、真実を執拗に探し求めた人達が存在したために初めて判明した事がわかるように経緯が書かれています。

2021年5末にはバイデン大統領がコロナ武漢起源説の再調査を命じており、最近注目を集め始めていますが、元記事についている拍手数は81、昨日の元記事もわずか52であり、昨年12月に発表したにも関わらずほとんど注目されていなかった事がわかります。これは、新型コロナウイルス関連は誤情報の流布を防ぐためか、公的機関や医療機関以外の情報源がSNSや検索エンジンで引っかかりにくいようになっている事も影響していると思いますが、陰謀論を助長するとして忌避されていた事もあるかもしれません。

半年前の記事なので、実はその後の展開も進んでいます。

本稿にも出て来てコメントしているピーター・ダザック(Peter Daszak)が、実は、自身が主導した事がわからないように27人の科学者と連名で「研究所起源説を陰謀論として非難する公開書簡」をかなり早い2020年2月の時点で発表していた事などです。

新型肺炎の「陰謀説」、科学者が共同声明で非難
2020年02月20日 CNN.co.jp

事実とデータを信奉する人にとっては非常に感銘を受けるお話と思います。

アイキャッチ画像のクレジットはPhoto by warren wong on Unsplash

私が以前投稿した新型コロナウイルスの起源の謎に関する記事を読んだことがあれば、SARS-CoV-2(新型コロナウイルス)の起源を取り巻く謎のほとんどを既に知っているでしょう。まだ読んでいない場合は、読み進める前に読むことを強くお勧めします。

実際、今回の記事は、それらの謎の解明に貢献した人々への賛辞です。

Alina Chanについては聞いたことがあるかもしれませんが、注目を浴びていない人でも、称賛に値する人が他にもたくさんいます。彼らは2020年、たゆまぬ努力を続けてきました。

彼らは学術論文を読み、ほとんど知られていないデータベースを探索し、中国のメディアを精査しました。仕事場はツイッターです。

彼らの中にはプロの科学者もいれば、さまざまなバックグラウンドを持っている人もいます。彼らは不快な質問をする傾向があり、おそらくこのため、他の科学者からブロックされ、陰謀論を助長していると非難されることがよくありました。

彼らの非日常的なアプローチには同意できないかもしれませんが、事実として、これらの人々は、小さな科学コミュニティのように、あらゆる意図と目的のために行動します。

データを検索して分析し、見付けた事を共有して議論し、さらに重要なことに、知られていない事実を捜し出します。

彼等は誰でしょうか?
Twitter の探偵たちが最初に解決しなければならなかった謎は、RaTG13 の特定でした。

この名前は、SARS-CoV-2に最も類似したコウモリのコロナウイルスの存在を示すために、武漢ウイルス学研究所(WIV:Wuhan Institute of Virology)の科学者による査読前論文として1月に初めて科学文献に登場しました。

その後、2月3日に、同じ記事(いくつかの軽微な修正を加えたもの)が著名なジャーナルであるNature誌に掲載されました。(Zhou et al., 2020)

当時、私たちは RaTG13 についてほとんど何も知りませんでしたが、このウイルスは、後に Yuri Deigin と@BillyBockstinsonによって発見されたように、削除された中国のデータベースにかつて存在していた可能性があります。とにかく、2日後、武漢大学の科学者によって別の論文が Emerging Microbes and Infections ジャーナルに掲載されました。(Chen et al., 2020)

著者は次のように書いています。

系統解析は、2019-nCoVがRhinolophus(キクガシラコウモリ)で循環しているコロナウイルス(CoV)に近いことを示しています。

例えば、コウモリコロナウイルス株BtCoV/4991(GenBank KP876546、RdRpの370nt配列および他のゲノム配列の欠如)の部分的なRdRp遺伝子に対する98.7%のヌクレオチド同一性。またはコウモリのコロナウイルス株bat-SL-CoVZC45およびbat-SL-CoVZXC21に対する87.9%のヌクレオチド同一性があります。

Chen et al., 2020 Emerging Microbes and Infections

彼らが原稿を書いたとき、最も類似したコウモリ ウイルスは、実際にZC45とZXC21でした。RaTG13の名前は当時知られておらず、彼らはRaTG13には言及していません。

しかし、探偵達は「コロナ後の2020年2月に発表されたRaTG13」が、「コロナ前の2016年の出版物(Ge et al., 2016)に記載されており、Genbankにも存在するコロナウイルスBtCoV/4991」の部分的なRdRp遺伝子に非常に強い類似性(99%の同一性)を持つ事に気付きました。

Emerging Microbes and Infections誌はマイナーなジャーナルであり、この論文は著名なジャーナルであるNature誌の論文の影に隠れています。実際、それに気付いた人はほとんどいないと思います。

そのうちの 1 人は、インスブルック大学の生物学者である Rossana Segreto(Twitter アカウント @Rossana38510044)で、3月16日にウイルス学ブログにコメントを書いたのは間違いありません。

もしかしたら他の人も両方の論文を読んで、Chenらの BtCoV/4991配列とZhou らの RaTG13 を比較しようとしたかもしれませんが、Rossana のコメントは、2 つの名前の関係を示唆する最初の公的な声明です。


2020 年 3 月 16 日、ウイルス学ブログの Rossana Segreto によるコメント

「同一ウイルス説」は、5月9日に武漢の科学者、石正麗と密接に協力しているピーター・ダザック(Peter Daszak)によっても確認されています。Daszak は、この関係性について質問した Twitter ユーザーに次のように答えました。

このTwitterユーザーは@schnufi666 で、コウモリ ウイルスに特化した中国のデータベースで、BtCoV/4991 のエントリが RaTG13 への参照を含むように変更されていることを発見したばかりです。

その後、7 月に発行された Science誌からのインタビューで、これらの名前の関係性を確認したのは石正麗自身でした。ツイート、インタビュー、ほとんど知られていない中国のデータベースの編集の後、WIVの科学者は最後に、Genbank の RaTG13 エントリを更新し、「former lab designation: Bat coronavirus Ra4991」という文を追加しました。彼らはこれを 11月24日に行いましたが、しかし、遅くともしないよりはましです。

宝探し
4月時点に遡ると、この小さな Twitter コミュニティのほぼ全員が、RaTG13 が実際には BtCoV/4991であると確信していましたが、その関係はどの論文にも明確に記載されていませんでした。

2020年2月にNatureに論文を投稿した著者が、RaTG13 が別の名前で記載されている2016年の自分自身の論文をなぜ引用しなかったのか、人々は疑問に思い始めました。

彼らは何かを隠していたのでしょうか?

この質問に答えるために、Twitter の探偵は、Yuri Deigin(Twitter アカウント@ydeigin) が気付いたように、2013 年にRaTG13が採取された場所である、墨江郡(雲南)の坑道に関する関連情報を見つけるためにインターネットを探索し始めました。 当時、議論は @luigi_warren が主導することがよくありました。彼は主な発見をTwitterで明確なスレッドにまとめていました。

調査の最初の手がかりは、2016年の論文自体にありました。5月15日、@_coltseaversは以前の論文(Wu et al., 2014)を引用している文章に気付きました。2014 年の論文を読むと、なぜその坑道が中国のウイルス ハンターにとって非常に興味深いのかがすぐにわかりました。

2012年6月、中国雲南省墨江ハニ族自治県で、廃坑で働いていた3人が原因不明の重症肺炎と診断された。3人の患者全員が死亡した。半年後、私たちはこの洞窟の自然宿主における新規人獣共通感染症の病原体の存在を調査しました。調査とバイローム分析のために鉱山から20匹のコウモリ(キクガシラ)、9 匹のラット(R. flavipectus)、5 匹のトガリネズミ(クロシデュラ ドラキュラ)から肛門スワブ サンプルを収集しました。
Wu et al., 2014 Emerging Infectious Diseases

つまり、SARS-CoV-2に最も類似したコウモリウイルスは、2013年に坑道でサンプルが採取されたウイルスであり、その前年に坑道で働いていた3人が原因不明の重度の肺炎で死亡していました。

かなり興味深いですよね?

実際、このニュースは他のウェブサイトでも報道されていました。ローランド ベイカー(Twitter アカウント @RolandBakerIII)は、この事件を説明する中国語の記事を見つけました。

彼はまた、科学者がそれらの死の原因がまだ発見できていないと解説したニュースをサイエンス誌(https://www.sciencemag.org/news/2014/03/new-killer-virus-china)で見つけました。興味深いことに、@luigi_warren が指摘したように、Scientific American誌は石正麗 への最近のインタビューでもこれらの出来事に言及しています。

奇妙なことに、この記事では肺炎の原因が真菌(fungus)であるとしていますが、2014 年の論文によれば、中国の科学者たちはウイルスを探していたはずなので、これは非常に驚くべきことです。

その時点では、坑道の正確な位置はまだわかっていませんでしたが、Antonio Duarte(Twitter アカウント @AntGDuarte) は5月11日に、Ge et al. 2016の論文内の詳細が書かれていない地図上の赤い点が、銅官鎮(Tongguanzhen)に非常に近い事に気付きました。ここは関県の行政区で、RaTG13の名称に含まれる「TG」の由来となった場所かもしれません。

興味深いことに、これら全てのことが Twitter上で起こっていたときに、あるインドの微生物学者が独自に同じ結論に達しました。

彼女の名前は Monali Rahalkar (Twitter アカウント @MonaRahalkar) であり、彼女の査読前論文は、坑道の物語をより多くの聴衆に共有するための最初の試みでした。

そして5月18日のどんでん返し。

@TheSeeker268 は、肺炎の発生を扱った修士論文を見つけました。「未知のウイルスによって引き起こされた重症肺炎患者 6 人の分析」(by Li Xu, supervisor Prof. Qian Chuan Yun、2014 年発行)

そして数日後の5月29日に、同じ Twitter ユーザーが同じトピックに関する博士論文を投稿しました。「コウモリでの新型ウイルスの発見とコウモリ コロナウイルス HKU9 の受容体の探索」by Canping Huang, supervisor Gao Fu 2018年発行

Segreto と Deigin によって投稿された査読前論文(Is considering a genetic-manipulation origin for SARS-CoV-2 a conspiracy theory that must be censored?)で言及されている 2 つの文書には、 Tongguan鉱山坑道と肺炎の症例に関する膨大な情報が含まれていました。例えば、2 つの論文は 6 人の患者とその症状を正確に説明しており、Monali Rahalkar が Frontiers in Public Health (Rahalkar and Bahulikar、2020 年)で発表した論文で報告されているように、COVID-19 の症状と非常に類似していました。


6 人の肺炎患者の概要 (Rahalkar and Bahulikar、2020 年)

6 人の肺炎患者と COVID-19 で観察された共通の特徴 (Rahalkar and Bahulikar, 2020)

作業の重要な部分は@franciscodeasisによって実行されました。@franciscodeasis は、修士論文と博士論文の一部の適切な翻訳を最初に行いました。博士論文は、発見者 The Seeker が指摘したように、坑道の GPS 座標を明らかにしていたため、特に重要でした。

23°10’36.00’’N, 101°21’28.00’’E

実は、それはダナオシャンという村の座標でした。Franscico De Asis によると、坑道自体はダナオシャンから未舗装道路でアクセスできる約 1.4km の場所に位置しています。


Francisco De Asis による、2012 年に 6 人が病気になった墨江ハニ族の坑道の推定位置(Google Earh からのスナップショット、2011 年)

Twitter の探偵達はこれを正しく理解しました。

11 月 17 日、Zhou et al. は、元の論文の補遺を発表し、坑道の話の裏付けが取れました。2012 年、武漢ウイルス研究所は、Tongguanの鉱山の洞窟を訪れた後に病気になった肺炎患者 4 人の血清サンプルを分析していました。

そのため、中国の科学者たちは毎年 1 ~ 2 回鉱山を訪れ、病気の原因となる可能性のある SARS 関連ウイルスを探しました。補遺の詳細の一部は修士論文や博士論文と完全に一致していませんが、Twitter ユーザーのグループが、そうしなければ科学コミュニティにはおそらく隠されたままだったであろう事実や出来事をどのように表面化させたかは、依然として印象的です。

この点に関して、Rossana Segreto は、Natureの編集者に執拗に説明を迫ったことで特に評価されるべきですが、おそらく他の何人かの科学者もジャーナルに説明を求めています。

最後のなぞ
2020年1月時点で入手可能だった情報を考慮してみてください。

SARS-CoV-2の最も近い親戚は、2013年に雲南省でサンプリングされたコウモリのコロナウイルスでしたが、私たちはそれについて何も知りませんでした。疲れを知らぬTwitterユーザーの探求のおかげで、SARS-CoV-2が原因不明の肺炎の古い話に関連している可能性があることがわかりました。

武漢の科学者は明らかに、世界とその情報を共有する事に熱心ではありませんでした。

Nature掲載の論文ではRaTG13の配列決定はCOVIDの発生後と述べられていましたが、本当は2018年である事も判明しました。

5月に NCBI にアップロードされた配列の名前の日付に最初に気付いたのは、Francisco De Asis でした。この発見は、後に石正麗 の Science への回答(Reply to Science Magazine(PDF))で裏付けが取れました。しかし、探求は終わりません!

Nature に最近公開された補遺は、実際、武漢ウイルス学研究所が RaTG13 以外に、他の 8 つの SARS 関連コロナウイルスを Tongguan鉱山で発見したことを明らかにしました。

私達はそれらのウイルスについて何を知っているでしょうか?

基本的に何も知りません。

補遺では、ゲノム配列はおろか、名前すら言及していません。

しかし、それらはどこかにあり、有名でない論文やあまり知られていないデータベースに埋もれている可能性があります。これが、Twitter の探偵が解決しなければならない最後の謎です。

Francisco De Asisは、このトピックに関して入手可能なすべての情報を数か月間追跡してきました。

彼の巨大なExcelファイルには、出版物、シーケンス項目、さらにはサンプル採取調査の時間と場所に注釈が付けられています。

彼は、8 つのウイルスがいわゆる「7896 clade」に属する可能性があると考えています。これは、最近 Nature に掲載された論文(Latinne et al., 2020).に登場した新しいウイルスのグループです。


2020 年 11 月 18 日、Francisco De Asisによるツイート

実際、これらのウイルスについては論文では言及されていませんが、Genbank ID は補足 PDF で報告されており、それらの RdRp 配列(現在利用可能な唯一の公開配列)は、SARS-CoV-2およびその最も近いいとこである RaTG13 および RmYN02 の配列と非常によく似ています。(@babarlelephantによる指摘)

更に、5月にアップロードされたRaTG13シーケンスの一部には、謎の「7896」ラベルが付いています。

今回も、探偵たちは以前のように、この情報を正すことができるでしょうか?

それを知るには、Twitter で彼らをフォローしてください。

最もアクティブなユーザーのリストを次に示します。おそらく、このパンデミックが始まった当初からこのグループのアグリゲーターであり、モチベーターである@billybostickson による大量のツイートに遭遇するでしょう。彼の素晴らしい仕事のアイデアを得るために、彼の「SARS-CoV-2の起源に関する科学者とWHOへの260の質問(260 questions for scientists and the WHO on the origin of SARS-CoV-2)」を読んでください。

あなたがソーシャル メディアが好きではなく、伝統的な科学記事を好む場合でも、心配は要りません。

以下に、上記の人々が執筆した研究のリストと、私が言及しなかった研究のリストを示します。例えば、SARS-CoV-2 の実験室での起源について推測する最初の査読付き論文は、Dan Sirotkin(Twitter アカウント @Harvard2H)とdbSNPを設計した彼の父 Karl によるものです。

Gilles Demaneuf と Rodolphe de Maistre による魅力的なベイズ分析。

センザンコウ コロナウイルスに関するデータに最初に疑問を呈した Daoyu Zhang (Twitter アカウント @flavinkins) による査読前論文。

匿名人物によって提案された研究所起源仮説は、この探偵物語に完全に適合します。

最後になりましたが、武漢で実施された機能獲得実験に関するYuri Deigin による印象的な Medium の記事もあります。

ご覧のとおり、非常に多くの人々が関与していましたが、これは驚くべきことではありません。Twitter上で実施される場合でも、サイエンスは集合的な事業です。

Peer-reviewed papers

Rahalkar & Bahulikar “Lethal Pneumonia Cases in Mojiang Miners (2012) and the Mineshaft Could Provide Important Clues to the Origin of SARS-CoV-2” Frontiers in Public Health 2020, https://doi.org/10.3389/fpubh.2020.581569

Segreto & Deigin “The genetic structure of SARS‐CoV‐2 does not rule out a laboratory origin” BioEssays 2020, https://doi.org/10.1002/bies.202000240

Sirotkin & Sirotkin “Might SARS‐CoV‐2 Have Arisen via Serial Passage through an Animal Host or Cell Culture?” BioEssays 2020, 42, 2000091

Preprints

Anon “Proposed SARS-CoV-2 Spillover During 2019 Review of Samples from a Mineshaft in Mojiang, Yunnan Province, China” Zenodo preprint, 14 September 2020

Chan & Zhan “Single source of pangolin CoVs with a near identical Spike RBD to SARS-CoV-2” BioRxiv preprint, 7 July 2020

Deigin & Segreto “The bat coronavirus RmYN02 is characterized by a 6-nucleotide deletion at the S1/S2 junction, and its claimed PAA insertion is highly doubtful” aRxiv preprint, 1 December 2020

Demaneuf & De Maistre “Outlines of a probabilistic evaluation of possible SARS-CoV-2 origins” Zenodo preprint, 26 September 2020

Rahalkar & Bahulikar “Understanding the Origin of ‘BatCoVRaTG13’, a Virus Closest to SARS-CoV-2” Preprints, 19 May 2020

Sallard et al “Tracing the origins of SARS-CoV-2 in coronavirus phylogenies” arXiv preprint, 25 November 2020

Segreto & Deigin “Is considering a genetic-manipulation origin for SARS-CoV-2 a conspiracy theory that must be censored?” Research Gate preprint, April 2020

Zhan et al “SARS-CoV-2 is well adapted for humans. What does this mean for re-emergence?” BioRxiv preprint, 2 May 2020

Zhang “The Pan-SL-CoV/GD sequences may be from contamination” Zenodo preprint, 8 June 2020

Medium articles and blog posts

Deigin “Lab-Made? SARS-CoV-2 Genealogy Through the Lens of Gain-of-Function Research” Medium, 22 April 2020

Demaneuf “WIV, EcoHealth, the Mojiang ‘miners’ cases and a bat sampling trip in April 2012” Medium, 25 September 2020

Leitenberg “Did the SARS-CoV-2 virus arise from a bat coronavirus research program in a Chinese laboratory? Very possibly.” Bullettin of the Atomic Scientists, 4 June 2020

Sirotkin D “Logistical and Technical Exploration into the Origins of the Wuhan Strain of Coronavirus (COVID-19)” 31 January 2020

3.D.R.A.S.T.I.C:新型コロナの起源の謎を探求するTwitter上の探偵達関連リンク

1)mygenomix.medium.com
The origin of SARS-CoV-2 is a riddle: meet the Twitter detectives who aim to solve it

2)drasticresearch.org
the-team

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