jupyter

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nbdev:探索的プログラミングをPythonで実現する開発環境(4/4)

1.nbdev:探索的プログラミングをPythonで実現する開発環境(4/4)まとめ ・Pythonが持つ特に強力な動的機能IDEでは活用する事が難しいがJupyterは活用可能 ・nbdevはJupyterの上に構築されているためPythonが持つ強力な動的機能もフルに活用できる ・nbdevの開発と併せて、fastai v2を完全にゼロからnbdevで書き直されており近い将来リリース予定 2. […]

nbdev:探索的プログラミングをPythonで実現する開発環境(3/4)

1.nbdev:探索的プログラミングをPythonで実現する開発環境(3/4)まとめ ・Jupyter Notebookは「探索的」部分では優れているが「プログラミング」の部分では優位性がない ・既存の素晴らしいツールを活用しつつ、必要に応じて独自のツールを構築してnbdevを実現 ・notebookの優れた特性によりマージコンフリクトの解決やテストケースの作成/実行が容易 2.Jupyter N […]

nbdev:探索的プログラミングをPythonで実現する開発環境(2/4)

1.nbdev:探索的プログラミングをPythonで実現する開発環境(2/4)まとめ ・ソフトウェア開発手法がウォータフォールからアジャイルに代わってもツールはあまり変化がない ・プログラミングに関する優れたアイディアは過去に幾つか発案されたが完全に実現された実装がない ・インタラクティブ開発はJupyter Notebookが優れているが教育用途以外では著者も使っていない 2.ソフトウェア開発の […]

nbdev:探索的プログラミングをPythonで実現する開発環境(1/4)

1.nbdev:探索的プログラミングをPythonで実現する開発環境(1/4)まとめ ・何らかのシステムを開発する際はプログラムコードやデータの挙動を探索する作業が大半を占める ・探索作業はコード内コメントとしては蛇足だが非常に重要な知見で共有する価値がある ・nbdevはこの探索作業の実行と知見の蓄積を容易にする事を目的とするPython用の開発環境 2.探索的プログラミングとは? 以下、www […]

GWASkb:ゲノムワイド関連解析情報を論文から自動抽出(6/6)

1.GWASkb:ゲノムワイド関連解析情報を論文から自動抽出(6/6)まとめ ・GWASkbの作成に使用されたシステムは、Snorkel IEフレームワークの上にPythonで実装されている ・本システムは少数の誤検出を発生させるため、全て自動抽出結果を検証することが推奨される ・GWASkbで報告された6422の関係性の合計精度は78 – 94%と推定される 2.Snorkelによる […]

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