GWASkb:ゲノムワイド関連解析情報を論文から自動抽出(4/6)
- 2019.08.16
１．GWASkb:ゲノムワイド関連解析情報を論文から自動抽出(4/6)まとめ ・GWASkbは多くのアプリケーションに有用なレベルで手動キュレーションDBに掲載された8割を自動収集 ・GWASkb手動キュレーションDBに掲載されていないが有用であると思われる多様体も収集できていた ・多様体を外部ツールによる注釈と比較した所、有意に一致しており外部ツールによる検証もクリア ２．GWASkbと他のGW […]
GWASkb:ゲノムワイド関連解析情報を論文から自動抽出(3/6)
- 2019.08.15
１．GWASkb:ゲノムワイド関連解析情報を論文から自動抽出(3/6)まとめ ・GWASkbは十分に高い精度を維持しながら、既存の文書からかなりの数の関連性を抽出 ・人間がキュレーションしたデータベースとは採用基準が異なるが他に掲載されていない関連性も抽出できた ・検証の結果GWASkbは、手動でキュレーションされた関連性の最大80％をカバーしている ２．GWASkbと他のGWAS関連データベース […]
GWASkb:ゲノムワイド関連解析情報を論文から自動抽出(2/6)
- 2019.08.14
１．GWASkb:ゲノムワイド関連解析情報を論文から自動抽出(2/6)まとめ ・GWASkbは遺伝的多様体、表現型、およびp値を自動的に収集する ・構文解析、候補生成、候補分類の３段階を経て文書から関係性を抽出 ・スタンフォードCoreNLPパイプラインやSnorkelを使って実現している ２．GWASkbの情報抽出方法 以下、www.nature.comより「A machine-compiled […]
GWASkb:ゲノムワイド関連解析情報を論文から自動抽出(1/6)
- 2019.08.13
１．GWASkb:ゲノムワイド関連解析情報を論文から自動抽出(1/6)まとめ ・過去に発見された遺伝子情報の中にはデータベースで利用可能な状態になっていない情報もある ・これらの情報は膨大なドキュメントの中に埋もれてしまっており人力での抽出が困難になっている ・GWASkbはデータプログラミングを使って出版物から有用な情報を抽出できるかを挑戦した研究 ２．GWASkbとは？ 以下、www.natu […]
TCC：繰り返し動作に着目して動画を理解する学習手法(2/2)
- 2019.08.12
１．TCC：繰り返し動作に着目して動画を理解する学習手法(2/2)まとめ ・TCCを使うとポーズ、照明、ボディ、オブジェクトの種類などの差異に関わらず同じ動作を特定できる ・そのため、ラベル付き画像が少数しかない状態でアクションの分類や様々なアプリケーションに応用可 ・教師無し学習で多数のビデオから同じ動作を切り出す事や特定のフレームを含む動画を検索する事も可能 ２．TCCを利用したアプリケーショ […]
TCC：繰り返し動作に着目して動画を理解する学習手法(1/2)
- 2019.08.11
１．TCC：繰り返し動作に着目して動画を理解する学習手法(1/2)まとめ ・特定の順序で行われる動作はキーとなる動作が常に存在し、他の条件が異なっても共通である ・例えばワインでもお茶でも水でも注ぐと言う動作には入れ物を手で掴む動作が必ず存在する ・このような時間的に一貫性を持つサイクルを学習し、動画をきめ細かく理解可能にするのがTCC ２．Temporal Cycle-Consistencyとは […]
EfficientNet-EdgeTPU:アクセラレータでの実行に最適化したニューラルネット(2/2)
- 2019.08.10
１．EfficientNet-EdgeTPU:アクセラレータでの実行に最適化したニューラルネット(2/2)まとめ ・EfficientNetsが主に使用する「深さ方向に分離可能な構造」はアクセラレータ上では必ずしも有効ではない ・通常のCNNの方がアクセラレータを有効活用できるため高速になるケースも存在した ・上記特性も考慮してAutoMLでアーキテクチャー探索を実行し速度と精度にすぐれたモデルを […]
EfficientNet-EdgeTPU:アクセラレータでの実行に最適化したニューラルネット(1/2)
- 2019.08.09
１．EfficientNet-EdgeTPU:アクセラレータでの実行に最適化したニューラルネット(1/2)まとめ ・ハードウェアアクセラレータ上での実行に最適化したニューラルネットワークはあまり存在しない ・AutoMLで最適化したEfficientNetsを更にエッジ上での実行に最適化したEfficientNet-EdgeTPUが発表 ・Coralのハードウェア製品を通じてEfficientNe […]
ハエの脳を自動でインタラクティブな3D画像に再構成する試み(2/2)
- 2019.08.08
１．ハエの脳を自動でインタラクティブな3D画像に再構成する試み(2/2)まとめ ・NeuroglancerはWebGLをサポートするためWebブラウザを使って誰でも自由に操作できる ・ペタバイト規模のスケールを持つ3D情報の表示が可能でありオープンソースとして公開されている ・その他任意の軸で再スライスして断面を作成する事や、多重解像度メッシュなど高度な機能をサポート ２．Neuroglancer […]
ハエの脳を自動でインタラクティブな3D画像に再構成する試み(1/2)
- 2019.08.07
１．ハエの脳を自動でインタラクティブな3D画像に再構成する試み(1/2)まとめ ・ショウジョウバエの脳はニューロンの数が10万程度であり他の脳と比べてモデル化しやすい ・今回ショウジョウバエの脳をFlood-Filling Networksを使って自動再構築する手法が発表された ・従来手法に比べてFFNにSECGANなどの2つの新しい改良を加えている ２．Neuroglancerとは？ 以下、ai […]