GWASkb:ゲノムワイド関連解析情報を論文から自動抽出(6/6)
１．GWASkb:ゲノムワイド関連解析情報を論文から自動抽出(6/6)まとめ ・GWASkbの作成に使用されたシステムは、Snorkel IEフレームワークの上にPythonで実装されている ・本システムは少数の誤検出を発生させるため、全て自動抽出結果を検証することが推奨される ・GWASkbで報告された6422の関係性の合計精度は78 – 94%と推定される ２．Snorkelによる […]
snorkel
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GWASkb:ゲノムワイド関連解析情報を論文から自動抽出(2/6)
１．GWASkb:ゲノムワイド関連解析情報を論文から自動抽出(2/6)まとめ ・GWASkbは遺伝的多様体、表現型、およびp値を自動的に収集する ・構文解析、候補生成、候補分類の３段階を経て文書から関係性を抽出 ・スタンフォードCoreNLPパイプラインやSnorkelを使って実現している ２．GWASkbの情報抽出方法 以下、www.nature.comより「A machine-compiled […]
GWASkb:ゲノムワイド関連解析情報を論文から自動抽出(1/6)
- 2019.08.13
- weak supervision, snorkel
１．GWASkb:ゲノムワイド関連解析情報を論文から自動抽出(1/6)まとめ ・過去に発見された遺伝子情報の中にはデータベースで利用可能な状態になっていない情報もある ・これらの情報は膨大なドキュメントの中に埋もれてしまっており人力での抽出が困難になっている ・GWASkbはデータプログラミングを使って出版物から有用な情報を抽出できるかを挑戦した研究 ２．GWASkbとは？ 以下、www.natu […]
Snorkel MeTaLを用いた大規模マルチタスク学習(4/4)
１．Snorkel MeTaLを用いた大規模マルチタスク学習(4/4)まとめ ・小文字化BERTと非小文字化BERTの結果をアンサンブルする事により更に高いスコアを更新 ・Snorkelは、トレーニングデータを迅速に作成、モデル化、および管理するためのシステム ・Snorkel MeTaLはマルチタスク教師およびマルチタスク学習を研究するためのSnorkelのマルチタスク版 ２．アンサンブルとSn […]
Snorkel MeTaLを用いた大規模マルチタスク学習(3/4)
１．Snorkel MeTaLを用いた大規模マルチタスク学習(3/4)まとめ ・自然言語推論(NLI)に関連するデータを用いてマルチタスク学習を実施 ・特殊な句読点を使用している文など特殊な事例に関して固有のタスクヘッドを追加して対応 ・「もっと多くの教師となる信号が必要です(We need more signal. 💪)」で以下次号 ２．MTLとデータスライシング 以下、dawn.cs.stan […]